Catàleg de scripts descarregables

Aquest catàleg organitza les eines del Servei de Bioinformàtica de forma clara: cada fitxer té una breu explicació, el cas d’ús i l’enllaç de descàrrega directa.

Índex ràpid

Python

`template_scanpy.py`

Què fa: plantilla base per iniciar un pipeline d’anàlisi single-cell RNA-seq amb Scanpy.
Per a què serveix: punt de partida ràpid per estandarditzar pre-processat i passos inicials en Python.
Descarrega: template_scanpy.py

`scRNA preprocess.ipynb`

Què fa: notebook de pre-processament de dades scRNA.
Per a què serveix: revisar un flux complet de neteja, normalització i preparació de dades abans de l’anàlisi.
Descarrega: scRNA preprocess.ipynb

`InferGRN.ipynb`

Què fa: notebook orientat a la inferència de xarxes reguladores gèniques (GRN).
Per a què serveix: provar fluxos d’inferència de regulació gènica a partir de dades d’expressió.
Descarrega: InferGRN.ipynb

`pyBoost.ipynb`

Què fa: notebook per experimentar amb mètodes de boosting en context bioinformàtic.
Per a què serveix: prototipar models predictius i comparar rendiment.
Descarrega: pyBoost.ipynb

`Pycistarget.ipynb`

Què fa: notebook per executar anàlisi de motifs i enrichments amb pycistarget.
Per a què serveix: identificar reguladors potencials i elements reguladors associats.
Descarrega: Pycistarget.ipynb

`pycistopic.ipynb`

Què fa: notebook de treball amb pycisTopic per dades scATAC-seq.
Per a què serveix: explorar temes/accessibilitat cromatínica i generar representacions útils per anàlisi downstream.
Descarrega: pycistopic.ipynb

`Scenicplus workflow.ipynb`

Què fa: workflow de SCENIC+ per integració reguladora.
Per a què serveix: construir i interpretar xarxes reguladores enriquides amb informació multi-òmica.
Descarrega: Scenicplus workflow.ipynb

`Ridge anar provant.ipynb`

Què fa: notebook d’experiments amb regressió Ridge.
Per a què serveix: fer proves ràpides de modelització regularitzada sobre dades de recerca.
Descarrega: Ridge anar provant.ipynb

R

`template_seurat.R`

Què fa: plantilla base per anàlisi single-cell RNA-seq amb Seurat.
Per a què serveix: començar projectes de manera consistent i reutilitzable en entorn R.
Descarrega: template_seurat.R

`kallisto_to_counts.R`

Què fa: transforma/organitza sortides de kallisto cap a matrius de counts útils per anàlisi posterior.
Per a què serveix: preparar resultats de quantificació per workflows d’expressió diferencial i QC.
Descarrega: kallisto_to_counts.R

`combat-seq (1).R`

Què fa: script per aplicar estratègies de correcció d’efecte batch amb ComBat-seq.
Per a què serveix: reduir biaixos tècnics entre lots de mostres.
Descarrega: combat-seq (1).R

`combat-seq (2).R`

Què fa: variant/addicional del flux ComBat-seq.
Per a què serveix: comparar o adaptar configuracions de correcció batch segons el dataset.
Descarrega: combat-seq (2).R

`enrich_anl_CD4 (1).Rmd`

Què fa: anàlisi d’enriquiment funcional en context CD4.
Per a què serveix: interpretar llistes de gens en termes de vies, funcions i signatures biològiques.
Descarrega: enrich_anl_CD4 (1).Rmd

`scATACseqOpenProblems.Rmd`

Què fa: notebook RMarkdown amb exploració/problemes oberts de scATAC-seq.
Per a què serveix: documentar hipòtesis, reptes metodològics i possibles solucions d’anàlisi.
Descarrega: scATACseqOpenProblems.Rmd

`TI_anl_CD4 (1).Rmd`

Què fa: anàlisi d’inferència de trajectòries (trajectory inference) per dades CD4.
Per a què serveix: estudiar transicions cel·lulars i dinàmiques de diferenciació.
Descarrega: TI_anl_CD4 (1).Rmd

`Preprocess (1).Rmd`

Què fa: notebook de pre-processament en R.
Per a què serveix: deixar una traça reproduïble del pipeline inicial de neteja i preparació de dades.
Descarrega: Preprocess (1).Rmd

`regulon.Rmd`

Què fa: notebook per anàlisi de regulons.
Per a què serveix: identificar programes reguladors i patrons de control transcripcional.
Descarrega: regulon.Rmd

Altres formats

`template_hpc_job.sh`

Què fa: plantilla de script de llançament de job per clúster HPC.
Per a què serveix: estandarditzar enviament de feines i recursos en entorns de computació d’alt rendiment.
Descarrega: template_hpc_job.sh

`InferGRN.sh`

Què fa: script shell per automatitzar part d’un flux d’inferència de GRN.
Per a què serveix: executar passos repetitius de pipeline des de terminal/HPC.
Descarrega: InferGRN.sh

`fastcormics_in.m`

Què fa: script en MATLAB associat a fluxos Fastcormics.
Per a què serveix: preparar o executar mòduls específics del workflow en aquest entorn.
Descarrega: fastcormics_in.m

Nota: Si actualitzeu fitxers, manteniu aquesta estructura (descripció + utilitat + descàrrega) per conservar el catàleg net i fàcil de navegar.